진행된 에이즈 바이러스(HIV)감염자나 에이즈 환자에서 약물의 효과는 잘 입증되어 있으나 치료시작 시기는 계속 논란이 되고 있습니다. 1995년만 하더라도 감염자는 발견 즉시 치료할 것을 권장하였으나 약제 내성, 약물 부작용 및 환자들의 삶의 질 등의 문제로 인하여 2001년부터 치료에 대한 개념이 바뀌고 있습니다.

최근 무증상 감염자에 대한 치료를 점점 늦추는 경향이 있는데 약물을 장기간 사용하였을 경우의 부작용이 밝혀지고 있기 때문이며, 에이즈 관련 증상이 있거나 바이러스 수치가 높거나 면역세포 수치가 낮을 경우는 진단 당시 가능한 한 빨리 약물치료를 시작합니다. 또한 무증상 HIV 감염자를 포함한 대부분의 에이즈 환자들은 고혈압이나 당뇨병 등의 만성질환처럼 치료제를 거의 평생 복용해야 합니다.