간암은 대부분 간경변증 환자의 합병증으로 발생합니다. 간암 환자의 80%에서 간경변증이 선행합니다.

간경변증 이외에 중요한 간암의 원인은 간염 바이러스입니다. B형 감염 바이러스 보균자는 간암 발생 위험도가 그렇지 않은 사람에 비해 상당히 높으며 대부분은 만성 간염이나 간경변증을 유발해 간암으로 진행하지만 간염 바이러스 자체가 발암성이 있을 가능성도 제시되고 있습니다. C형 간염도 간암의 중요한 원인입니다.

서양의 경우 알코올 중독자들은 정상인보다 간암의 빈도가 4배 높다고 알려져 있습니다. 그 외 진균독소(아플라톡신 B1), 드물지만 남성 호르몬제나 피임약도 간암을 유발할 수 있는 것으로 되어 있습니다.